Découvrez la plateforme d'analyse bioinformatique CINBIOS
Elle apporte expertise en analyse de données bio-informatique et statistiques au sein de la Faculté de Santé. L’équipe offre ses services à travers des collaborations scientifiques et des participations à des projets.
L’équipe permanente est constituée de Pierre-Yves Boelle (à gauche), responsable scientifique de la plateforme et Karim Labreche (à droite), responsable opérationnel.
La plateforme d'analyse bio-informatique et statistiques CINBIOS a été créée à la demande du doyen Bruno Riou, il y a deux ans, au sein de la plateforme technologique PASS. Son objectif principal consiste à assister les utilisateurs des plateformes et les équipes de recherche de la faculté de santé dans l'analyse, la modélisation et l'interprétation des données.
L’équipe CINBIOS a mis en place un support au calcul numérique et des workflow d’analyse pour des projets développés au sein de Sorbonne Université. Elle se concentre sur la proposition d'expertise en analyses bio-informatiques et biostatistiques ce qui la distingue des plateformes technologiques.
Pierre-Yves Boelle est professeur de biostatistique à Sorbonne Université. Il a une activité de la recherche au sein de l'Institut Pierre Louis d'Épidémiologie et de Santé Publique (IPLESP). Depuis une vingtaine d'années il s'est orienté vers le support aux analyses bio-informatiques. Il s’agit d’un domaine qui couvre la biostatistique, avec des méthodes de bio-informatique. Il a débuté avec des projets autour du cancer colorectal en collaborant avec des équipes basées à l’hôpital Tenon et il dirige depuis 2021 l’équipe CINBIOS.
Karim Labreche est ingénieur de recherche et responsable opérationnel de CINBIOS. Au cours de son parcours Karim Labreche a développé une expertise dans l’étude de la génomique et transcriptomique portée sur la prédisposition génétique et la caractérisation moléculaire des tumeurs.
L’équipe répond à des demandes des différents sites de médecine comme Tenon, Trousseau, Saint-Antoine, la Pitié-Salpêtrière mais les collaborations se font aussi en Sciences. Il est largement reconnu aujourd'hui que l'analyse bio-informatique joue un rôle important, notamment dans le choix du traitement de patients atteints de maladies telles que le cancer, ainsi que dans le domaine de la médecine personnalisée. Cette fonction contribue au diagnostic génétique, à la classification des patients à travers des approches comme l'apprentissage profond (machine learning), à la prédiction de marqueurs pronostiques tels que les mutations, et à la recherche sur les thérapies personnalisées, notamment dans le développement de vaccins sur mesure.
Pierre-Yves Boelle et Karim Labreche travaillent notamment en collaboration avec des programmes pluridisciplinaires de recherche translationnelle, tels que le SIRIC CURAMUS, un centre de recherche intégrée en oncologie soutenu par l'Institut National du Cancer (INCa) et dirigé par le groupe hospitalo-universitaire AP-HP.SorbonneUniversité. Ils sont également impliqués dans des initiatives de projets financés par la fondation MSDavenir telles que l’étude IDeATIon, portés conjointement par Sorbonne Université, la Fondation Sorbonne Université, l’AP-HP et l’INSERM.
La mise en place de collaborations s’adapte à chaque plateforme ou centre d'expertise qui a son propre mode de fonctionnement. Le travail à CINBIOS est ainsi varié grâce aux collaborations nouvelles et aux découvertes qui sont réalisées.
Les gros moyens de calculs et les équipements informatiques de CINBIOS sont centralisés dans la plateforme SACADO (Service d’Aide au Calcul et à l’Analyse de Données) de Sorbonne Université. Cette mutualisation des moyens informatiques permet de gérer la jouvence du matériel informatique et l’accès à des conditions optimales pour les équipements de calcul de grande envergure nécessaires au bon fonctionnement de la structure.
L’équipe CINBIOS propose des formations courtes ou plus longues, pour des personnes individuelles ou des petits groupes, et souhaite encore développer son axe d’offre de formation. Pierre Yves-Boelle et Karim Labreche encadrent des étudiants et médecins en thèse de sciences pour les guider dans le domaine méthodologique de l’analyse bio-informatique et biostatistique. Les formations proposées par CINBIOS prennent une forme très ciblée d’accompagnements ce qui parfois permet de découvrir des profils intéressants pouvant être recrutés sur des projets futurs.
Site Web de CINBIOS : https://www.cinbios.fr/
