Portrait d'Encarnita Mariotti-Ferrandiz, nouvelle directrice de l'i3 Lab

Ce projet l’a rapidement conduit à l’exploitation de données complexes et nombreuses au travers d’approches bio-statistiques avancées. Elle a alors rejoint l’équipe du Pr Shohei Hori à l'Institut RIKEN de Yokohama au Japon pour développer de nouvelles technologies de séquençage et d’analyses de données visant à décoder la complexité des répertoires lymphocytaires T, en particulier des lymphocytes T régulateurs, cellules centrales dans le maintien de l’homéostasie du système immunitaire et l’intégrité de notre organisme. Dotée de cette expérience, elle a rejoint le laboratoire du Pr David Klatzmann en qualité de post-doctorante en 2012 pour renforcer l’équipe Immunologie intégrative, afin de poursuivre des travaux d’études des répertoires immunitaires et d’intégration de données multidimensionnelles dans le domaine des maladies auto immunes et inflammatoires. Nommée maitresse de conférences à Sorbonne Université en 2014 et professeure des universités en 2024, elle a mené des recherches interdisciplinaires, mêlant immunologie, médecine translationnelle et modélisation, tremplins majeurs dans son parcours scientifique qui ont façonné son approche innovante actuelle.

Quelle est votre vision pour l’avenir de l’unité de recherche que vous dirigez désormais ?

i3 est un laboratoire de recherche en immunologie, dynamique et interdisciplinaire, construit autour d’une vision collective intégrée visant à identifier des biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques dans le domaine des maladies auto immunes et inflammatoires.  Cette approche se décline à la fois en recherche translationnelle avec des recherches menées dans le cadre d’essais cliniques observationnels et interventionnels, ainsi qu’en innovation technologique et expérimentale grâce au développement de nouveaux modèles in vitro, in vivo mais aussi in silico.

Mon rôle en tant que directrice est de soutenir cette dynamique et de la faire perdurer au sein d’i3 à l’échelle du site de la Pitié-Salpêtrière ainsi qu’à l’échelle plus large de la Faculté de Santé (FdS) et de l’AP-HP. De plus, enseignante au sein de la Faculté des Sciences et Ingénierie (FSI) de SU, je souhaite renforcer et promouvoir les liens entre FSI et FdS en enseignement, mais aussi en recherche fondamentale et clinique.

Quelles sont les maladies sur lesquelles vous concentrez vos recherches ?

Nous menons des recherches sur plusieurs maladies avec un fort axe sur les maladies auto-immunes et inflammatoires, enjeu majeur en santé publique avec un impact sociétal considérable, nécessitant de nouvelles thérapies pour une meilleure prise en charge et une amélioration de la qualité de vie des patients. Au travers du LabEx Transimmunom, fédérateur à l’échelle du laboratoire mais aussi entre nombreux services cliniques de l’AP-HP, le laboratoire i3 a été pionnier dans l’émergence de la biologie des systèmes appliquées aux pathologies auto immunes, approche combinant intégration de données multi-paramétriques, intelligence artificielle et analyses de cohortes. Ce travail colossal constitue un levier unique pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Parmi les pathologies centrales du laboratoire, le diabète de type 1 ainsi que le lupus et le syndrome de Sjögren constituent les domaines historiques du laboratoire. Nous poursuivons nos recherches sur un versant fondamental et clinique, au travers de projets structurants à l’échelle de l’unité et dans des consortium nationaux et internationaux. Grâce à Transimmunom, nous avons développé une collaboration forte avec les Pr Francis Berenbaum et Jérémie Sellam de l’hôpital Saint-Antoine que nous souhaitons poursuivre. Enfin, les maladies neuro-développementales comme l’autisme ou encore les maladies cardio-vasculaires constituent un nouvel axe de recherche du laboratoire au travers de collaborations avec les services cliniques experts. Le laboratoire a joué un rôle pionnier dans plusieurs essais cliniques thérapeutiques dans ces domaines. Cet axe sera poursuivi au travers de différentes études bénéficiant d’une forte synergie entre les deux équipes du laboratoire et les cliniciens impliqués.

Pouvez-vous nous présenter les équipes de votre laboratoire ?

Depuis le 1ᵉʳ janvier, deux équipes ont été validées, à la fois par l'Inserm et Sorbonne Université :

• La première est dirigée par David Saadoun, clinicien à la Pitié-Salpêtrière au sein du service de médecine interne. Son équipe se concentre sur l'identification des mécanismes fins des processus immuno physiopathologiques des maladies auto immunes ainsi que le développement de nouvelles thérapies moléculaires et cellulaires innovantes avec un double objectif : améliorer la compréhension des pathologies auto-immunes et développer des approches thérapeutiques.
• La seconde équipe, que je dirige (Encarnita Mariotti-Ferrandiz), est davantage axée sur une approche globale de la santé au travers de l'intégration multi paramétrique des données du système immunitaire dans diverses pathologies. Nous nous distinguons par une expertise reconnue internationalement sur des répertoires lymphocytaires T. Pour mener à bien ces recherches, nous développons des d'outils d’analyses innovants, notamment des méthodes computationnelles et d'intelligence artificielle, afin de mieux comprendre et traiter les maladies avec des premiers résultats prometteurs.

Pourriez-vous nous parler de vos récentes réussites ?

Les avancées ont été nombreuses ces dernières années et le fruit de ce travail interdisciplinaire et collaboratif développé sur les quinze dernières années. À titre d’exemples, au-delà des développements technologiques dans l’analyse du répertoire T¹  et la cytométrie², l’étude Transimmunom a permis d’identifier des populations cellulaires³ mais aussi des paramètres cliniques⁴ classifiant 19 maladies auto immunes et inflammatoires en sous-groupes phénotypiques. En partenariat avec ILTOO Pharma, le laboratoire a été pionnier dans la validation du bénéfice clinique du traitement par IL-2 à faible dose dans différentes pathologies immunes, comme le lupus⁵, mais aussi la rhinite allergique⁶ et la dépression bipolaire⁷ pour les plus récentes.

Site web : https://www.i3-immuno.fr
Contact :  i3.contact@transimmunom.org
Téléphone : + 33(0)1 42 17 74 60 / 61

Notes :
1. Barennes et al, Nature Biotechnology, 2021
2. Pitoiset et al, Cytometry, 2018
3. Tchitchek et al, ARD, 2024
4. Hassler et al, Journal of Autoimmunity, 2024
5. Humrich et al, ARD, 2022
6. Rosenzwajg et al, J Allergy Clin Immunol, 2025
7. Leboyer et al, Brain Behav Immun, 2025