COVID-19 WA

Le continent africain a connu la première vague épidémique de COVID-19 sous différentes formes d'interventions de distanciation sociale et en général avec une diffusion modérée de la maladie, à quelques exceptions près. Selon les rapports du gouvernement, le Sénégal a signalé plus de 13 000 cas au début du mois de septembre avec un taux de létalité d'environ 2 % et un taux de positivité d'environ 10 %. 

En se concentrant sur la première vague au Sénégal, notre projet visait à décrire et évaluer la phase initiale de propagation du COVID-19 dans le pays. 

Nous avons collecté les données de la première vague épidémique à partir du tableau de bord officiel du gouvernement sénégalais et des bulletins du Ministère de la Santé et de l'Action Sociale, rapportant quotidiennement les résultats des tests virologiques et fournissant la répartition spatiale des cas et leur origine (importation, transmission, cas contact). L'analyse des données montre que sur les ~13 000 cas détectés, seulement 1,4% provenaient d'importations, alors que plus de 70% provenaient de transmissions locales. 

Le premier cas importé a été identifié le 2 mars 2020 dans la capitale, Dakar. Quelques semaines après une série de mesures de distanciation sociale – comme le couvre-feu, l'interdiction des rassemblements et la fermeture des écoles – a été appliquée. Le taux de reproduction effectif est passé de R=2 vers la fin avril à R environ 1 vers la fin mai. La réponse rapide du gouvernement a permis d'aplatir la courbe épidémique, néanmoins une propagation spatiale rapide a été observée de la capitale au sud-est du pays, notamment dans les zones urbaines de Thiès et Thiourbel. La diffusion a suivi un schéma non radial et non local, mettant en évidence la présence de « hotspots » responsables d'une diffusion plus localisée. 

Ce schéma était similaire aux schémas de diffusion signalés pour les épidémies passées dans le pays (par exemple, l'épidémie de choléra de 2005), et il est probablement le résultat de patterns de mobilité hétérogènes (par exemple, les déplacements pour cause de travail), composés de fortes connexions de mobilité entre les villes les plus importantes, couplée à des connexions locales avec les zones rurales voisines. 

Le projet nous a permis de mettre en évidence une forte composante spatiale dans la propagation du COVID-19 au Sénégal. Les travaux en cours visent à mettre ce schéma en relation avec les flux de mobilité à travers un modèle mathématique de transmission intégré dans l'espace.